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至长读长技术市场进步,2015测序仪市场分析

2021-09-17

长读长技术市场进步,2015测序仪市场分析

2015年下1代测序另外技术获得了长远的进步。技术的进步使研究人员可以取得更长读长的序列,配合生物信息学,将取得更丰富的基因组信息。

根据新的DeciBio市场报告显示,测序仪器市场范围已达24亿,预计到2019年将增长到45亿。临床客户是这1增长的主要推动力,科研市场则受单细胞测序、群体遗传学和NGS利用的驱动。本文回顾了几家主要的测序仪制造商在过去1段时间里的动向,并对2016年进行展望。

PacBio的逆转:Sequel测序仪

过去几年,PacBio公司对RSII测序系统读长、通量、生物信息分析和利用等方面做了大量的改进工作。但是,该仪器的价格高达69.5万美元,体积大也阻碍它的广泛采取。

Sequel测序仪的推出标志着PacBio的逆转,与RS II系统相比,它的测序通量提高了7倍,价格降落到35万美元,体积只有约1/3。

罗斯林研究所ARK基因组中心主任Mick Watson预测,未来1年Illumina公司的测序仪结合PacBio公司Sequel测序仪的使用,将会产生更多全基因组测序结果,可深度了解结构变异和短读长技术测不到的基因组区域,例如,HLA区域、重复元件和着丝粒。另外,他补充说,由于长读长在视察结构变异上的优势, 人们将开始使用Sequel测序癌症基因组。

但是,博德研究所的Chad Nussbaum说,Sequel的成功将取决于数据的质量,目前尚没有公然相干数据。

Oxford Nanopore公司:MinIon试用

Oxford Nanopore公司去年推出了MinIon纳米孔测序仪初期试用计划。自那时起,该计划已扩大,几个团体发表了大量研究,证明了MinIon协助基因组装配,和在标准实验室外快速测序微生物基因组和环境样本的潜力。

美国NASA约翰逊太空中心的研究人员计划在2016年把MinIon带到太空,测序国际空间站的样本。1些研究者认为要选用适合的专用夹垫和适合的方式方法,MinIon可用于即时检测,例如,快速检测以诊断1个未知感染,对疾病爆发如西非埃博拉爆发的实时分析。

2015年PacBio预期售出10台Sequel测序仪,大部份卖给了罗氏公司,罗氏准备使用Sequel来展开临床测序。西奈山伊坎医学院的伊坎基因组学及多尺度生物学研究所和贝勒医学院也都订购了Sequel。

华盛顿大学基因组学教授Shendure说,如果Sequel性能继续提升,其低本钱和长读长测序的优势,将有助于科研人员进行更全面的突变研究。Sequel将大有作为。该仪器乃至可提供 铂金品质的基因组 ,他将此定义为接近人参考基因组的质量。

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英国癌症研究所基因组组长James Hadfield说,如果PacBio继续改良装载效力并下降测序本钱,它会成为1个真实的竞争对手。 如果能用PacBio的仪器花费5000美元得到基因组,那真的很棒 ,虽然这个军中“大老虎”谷俊山和徐才厚的落马价格依然比Illumina公司基因组测序的价格贵,但它能提供更大的长度范围和结构信息。

Oxford公司能否超出PacBio公司依然有待视察。Watson说,PacBio公司有客户群和成熟的技术。MinIon和行将推出的PromethIon仍处于发展阶段,但Oxford公司的技术有巨大的潜力。

华大基因的战略变化

6月,华大基因基于CompleteGenomics的技术推出了1款高通量测序仪Revolocity。当时,Complete Genomics公司的CEO Cliff Reid介绍,Revolocity每一年可测序1万个人类基因组,同等于Illumina公司的HiSeq X Ten。虽然华大基因计划2016年上半年才交付Revolocity测序仪,但它已提早有了3个客户:荷兰奈梅亨大学医学中心、澳大利亚健康服务公司Mater和英国癫痫协会。

但在11月,华大基因搁置了该测序系统的商业化。Reid将辞去Complete Genomics公司CEO的职务,华大基因把重心放在了桌面测序仪BGISEQ⑸00上,计划使其通过中国食品药品监督管理局的认证。这是继王俊离开后华大基因经历的另外一次大变动。

Watson推测,Revolocity可能过于复杂,不利于商业化。

赛默飞:改良服务

赛默飞公司基于其Ion Torrent技术,推出了1款新的NGS系统 Ion S5,专注于 即插即用 的靶向测序。该公司还根据其AmpliSeq技术开发了靶向panels,特别是针对癌症领域。展望未来,靶向测序可能成为赛默飞有益可图的方向,它正努力实现扩大Proton测序仪范围的目标。

DeciBio的市场报告中写道,由于PII芯片面临的技术难关,赛默飞所占的市场份额有所滑落。随着公司将重心从增加通量转变成改良服务临床客户的工作流程,其发展将以每一年约17的速率增长。

对2016年的预测

展望2016年,单细胞测序技术的进展,10X Genomics公司的技术潜能,和大范围测序项目产生的基因组数据都让研究人员们兴奋。

Shendure说: 捕获、区室化和标记的技术进步非常快速,可以告知我们哪些序列来自同1个细胞 。这些技术包括10XGenomics的技术,可以快速分析上千个单细胞表达谱的Drop-Seq技术,Shendure实验室正在开发的可创造数千个标记的DNA池的CPT-seq技术。

Hadfield谈到了单细胞基因组学、基因组定向和自动化。他说: 这些技术使我们能构思更复杂的实验,是我期待的下1次技术革命 。

若干临床测序项目正在进行中。Shendure说: 监管方面的挑战已愈来愈明显。重要的找到合适患者的方法,2016年这方面1定会有所进展 。

另外,Illumina公司仍然是NGS市场的主导者,但由于MiSeq和NextSeq测序仪的销售不佳,其第3季度的收益不如预期。专家预测2016年Illumina公司包括莫斯科、列宁格勒、沃罗涅什会有重大创新。